В 1963 году, исполнительным комитетом Горно-Алтайского областного Совета принято решение «Об утверждении проекта строительства аэропорта «Горно-Алтайск». Спустя пять лет в 1968 году аэропорт «Горно-Алтайск» сдан в эксплуатацию, длина полосы в 600 метров позволяла принимать самолеты 4 класса Ан-2.

В июле 1972 года произведена реконструкция взлетно-посадочной полосы, это позволило использовать самолеты Як-40. Выполнялись ежедневные регулярные рейсы до Барнаула и Новосибирска.

В 1972 году в аэропорт «Горно-Алтайск» поступили вертолеты Ми-8 и Ми-2. Открылись рейсы на Артыбаш, Улаган, Балыкчу.

Через год был построен аэропорт «Кош-Агач». На самолете Як-40 2-3 рейса ежедневно перевозили пассажиров до Кош-Агача .

В 1974 году был реконструирован аэропорт «Усть-Кокса» со взлетно-посадочной полосой для приема самолетов Як-40. 2 рейса ежедневно выполнялись из аэропорта «Горно-Алтайск» в «Усть-Коксу».

В период с 1969 по 1972 годы пассажиропоток ежегодно увеличивался в два раза, но к 90-м годам количество регулярных рейсов пошло на спад и в 1995 году авиасообщение  прекратились полностью.

После 15-летнего перерыва ОАО «Аэропорт Горно-Алтайск» снова является главными воздушными воротами Республики Алтай.

В 2010 году Аэропорт возобновил регулярное авиасообщение между Горно-Алтайском и Новосибирском. В июне 2011 года появились новые рейсы из Горно-Алтайска — до Сургута и Нижневартовска.

С 2008 по 2011 год предприятием было допущено к приему и обслуживанию 3 новых типа воздушных судов. Также в этом периоде были сертифицированы все службы, обеспечивающие наземное обслуживание полетов.

В 2011 году был введен в эксплуатацию реконструированный аэродромный комплекс, включающий в себя взлетно-посадочную полосу длиной 2 300 метров, перрон, места стоянок воздушных судов. На новом аэродроме появилось новое современное оборудование: мачты освещения, светосигнальное оборудование, система посадки.

Аэропорт Горно-Алтайск может обслуживать среднемагистральные воздушные суда, такие как Боинг-737 всех типов, А-319, А-320, Ту-204.

Ведутся работы по разработке проектно-сметной документации для строительства международного аэровокзала и пункта пропуска в аэропорту г. Горно-Алтайска Республики Алтай.

На территории Республики Алтай по состоянию на 1 мая 2017 года осуществляется регулярное авиасообщение по маршрутам Москва – Горно-Алтайск и Новосибирск – Горно-Алтайск авиакомпанией «Сибирь», Красноярск — Горно-Алтайск авиакомпанией «КрасАвиа». За период 1 января – 30 апреля перевезено 7 417 пассажиров, выполнено 102 взлет-посадки.